对许多不良反应，尚不清楚它们是否与本品有关，或与其它诸多用于治疗HIV疾病的药物有关，亦或就是本身疾病进展过程的结果。
以下不良反应在超过10%的患者身上出现，可能与本品有关：恶心、呕吐、嗜睡和疲劳。其它常见的不良反应有：发热、头痛、腹泻和厌食。总之，不良反应是一过性且不限制治疗。大部分为轻度或中度。
对照临床研究中，与本品治疗相关的实验室检查异常较少见，其发生率在接受治疗的病人和对照组之间未见差异。
曾有过使用核苷类似物出现乳酸酸中毒的病例，有时是致命的，通常与严重肝肿大和肝脂肪变性有关。
过敏反应：在临床研究中，接受阿巴卡韦治疗的研究对象大约3%出现过敏反应，其中一些过敏反应是危及生命的，并且尽管采取了谨慎措施，还是引起了致命的后果。过敏反应的特征是：出现提示多器官或机体多系统受累的症状。几乎所有病人的过敏反应均有发热和/皮疹(通常为斑丘疹和荨麻疹)为其综合征的一部分。其它常见的症状和体征包括胃肠道症状(恶心、呕吐、腹泻和腹痛)、嗜睡和不适。也曾出现过无皮疹和发热的过敏反应。
其它症状和体征可包括呼吸系统症状(呼吸困难、咳嗽、气短)、肌肉骨胳症状(肌痛、关节痛)、头痛、感觉异常和水肿。体检可见淋巴节病、偶见粘膜损伤(结膜炎和口腔溃疡)和低血压。
与阿巴卡韦过敏反应相关的实验室检查异常包括肝功能试验，肌酸磷酸激酶，肌酐升高或淋巴细胞的减少。曾有过敏反应伴有肾衰和致敏的报告。一些过敏反应起初被认为是病毒感染，如流感样症状、肠胃炎和呼吸系统症状，因此需密切监测出现上述症状的病人。症状通常发生于开始阿巴卡韦治疗过程中的前6周内(平均为开始治疗后的第11天)，也可发生于治疗过程的任何时间。有必要在治疗的最初两个月对病人进行密切的医疗监测，每2周会诊1次。
预计阿巴卡韦过敏反应的发生及其严重程度的危险因素尚未证实，但间歇治疗很可能增加致敏的危险，导致临床上发生明显的过敏反应。应告知病人定期服用本品的重要性。
继续接受本品进行治疗，与过敏反应有关的症状会恶化，通常停药后恢复。
在发生1次过敏反应后重新开始治疗会在数小时之内引起症状的重新出现。过敏反应的这种复发通常比最初出现时的严重，并且可能出现危及生命的低血压和死亡。
出现了上述过敏反应的病人必须停止使用本品，并且一定不能重新开始使用。应警告所有病人注意阿巴卡韦的过敏反应。
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