沙眼衣原体大于500提示是阳性，也就是感染。无症状的沙眼衣原体CT感染者是不需要治疗的，只有有症状的患者或是备孕阶段的夫妻才是需要治疗的。有症状的患者多是有尿道刺激症状、尿道口红肿、尿道口分泌物多、尿道刺痛灼热等。沙眼衣原体不及时的治疗对男性而言，可导致男性不育 ,主要是引起精子活动力异常 ,降低快速运动精子的百分率，个别患者还会出现血清抗精子抗体阳性；对女性而言多是可引起妇女宫颈炎、输卵管炎、不孕及盆腔炎。远期影响如不孕、异位妊娠、慢性盆腔疼痛,为继发于输卵管和卵巢的炎症后的瘢痕所致。此外,沙眼衣原体CT还可与人乳头瘤病毒(HPV)协同诱发宫颈瘤变