最主要的手术并发症是角膜瓣的问题。

比如角膜瓣移位、皱褶、脱失，角膜上皮植入或内生，角膜瓣过薄、过厚、不规则、穿孔、游离等，这与医生的角膜瓣切削过程密切相关，也与被手术者的合作程度有关，都是可以控制的。另外，准分子治疗近视是通过激光磨削角膜来达到治疗目的的，是一个有组织创伤性的手术，如果剩余的角膜太薄，严重的可能会引起医源性圆锥角膜，因此规范细致的手术前检查，避免检查结果误差非常重要；制定手术方案要严格遵守角膜厚度限制，切削的深度绝对不能超过安全极限。