因人而异。像其他疫苗一样，新冠肺炎疫苗在接种后可能会有全身反应，如疼痛、发红、疼痛和瘙痒。极少数人可能因个体差异出现发热、乏力、恶心、头痛、肌肉酸痛等症状，一般不需要特殊治疗。多数2~3天后可自行恢复，不影响二次注射。
另一种情况是，接种时受种者正处于某种疾病的潜伏期或前驱期，接种后的巧合发病与接种无直接关系，也不影响第二剂的接种。如有发热或持续不适，应及时就医，并向接种单位报告。
根据新冠肺炎疫苗接种监测，一般反应、异常反应、耦合病和心因反应的发生率很低，但第二剂低于第一剂，两者差异有统计学意义。
但如接种第一剂疫苗后出现过敏反应，接种者应及时向接种单位报告。经异常反应调查诊断专家组诊断，确定过敏反应系新冠肺炎疫苗引起，为疫苗接种禁忌症，无需二次注射。