1.不同的制造商。
两针新冠肺炎疫苗国内有三家厂商，分别是国药中生北京公司、国药中生武汉公司和北京科兴中维公司。三针新冠肺炎疫苗的生产厂家是安徽志飞，是与中国科学院微生物研究所共同研制的。
2.不同的品种。
两剂新冠肺炎疫苗为灭活疫苗，三剂新冠肺炎疫苗为重组新冠肺炎疫苗(CHO细胞)。
3.不同的生产流程。
灭活疫苗首先培养病毒或细菌，然后通过加热或化学试剂(通常是福尔马林)灭活它们。重组新冠肺炎疫苗是将新冠状病毒S蛋白的受体结合区(RBD)基因重组到中国仓鼠卵巢(CHO)细胞的基因中，在体外表达形成RBD二聚体，并加入氢氧化铝佐剂提高免疫原性。
4.不同的制备技术。
二针新冠肺炎疫苗技术成熟，但对生产环境要求高，需要活病毒，产量有限。三针疫苗是一项新技术，但不需要完整的病毒来生产，因此更容易大规模生产。
5.不同的接种时间。
新冠肺炎疫苗第一剂与第二剂间隔时间在2周以上，第二剂应在第一剂后8周内尽快完成。但三剂新冠肺炎疫苗的接种时间应在6个月内完成，推荐相邻两剂之间的接种间隔& ge4周，第二次给药应在第一次给药后8周内完成，第三次给药应在第一次给药后6个月内完成。
6.不同的接受度。
两针新冠肺炎疫苗主要用于早期接种，目前仍在使用。三针新冠肺炎疫苗最近已经在几个省进行了接种。
如何选择两种或三种新冠肺炎疫苗
两者都可以有很好的效果，你可以根据自己的需要来选择。灭活疫苗需要两次注射，技术成熟，易于储存和运输，但生产环境要求高，生产能力容易受损。重组蛋白疫苗需要三次注射，生产不需要完整的病毒，安全可靠，易于大规模生产，成本低廉。
三针新冠肺炎疫苗使用DNA重组技术。接种后大部分受试者无不良反应，极少数受试者仅出现轻度或中度不良反应，主要表现为接种部位疼痛、红肿或硬结。不良反应基本可以在1-3天内治愈。接种2剂后，83%的接种者可产生中和抗体。
接种3剂后，97%的接种人群可产生中和抗体，且抗体水平很高，可达康复患者血清抗体量的两倍。只是整个接种过程稍长，按照三针重组新冠肺炎疫苗的说明书程序，0、1、2个月内完成接种前后需要60天。
二针灭活疫苗是一种通过物理和化学方法杀灭并通过一系列纯化技术制备的疫苗。其主要特点是疫苗的组成与天然病毒结构相似，免疫反应更强，安全性好。疫苗相对稳定，可在2℃-8℃条件下保存2-3年，运输方便。