疫苗本身不会导致疾病。疫苗引起的疾病非常罕见，一般在接种减毒活疫苗时发生，发病率控制在百万分之一以下。现在使用的新冠肺炎疫苗都是灭活疫苗，没有减毒活疫苗，所以疫苗制剂本身不会致病。
在新冠肺炎接种疫苗后，将为接种者建立新冠肺炎的基本免疫。即使有一天病毒变异到疫苗现有的控制范围内，之前的接种也不会白打。现有的突变体只能部分降低疫苗的保护效率，保护效率的降低一般针对轻度病例，而疫苗对重度病例的保护效率仍然相对较高。
疫苗的副作用取决于工艺，传统技术路线灭活的疫苗安全性很好，蛋白疫苗也是如此。病毒载体疫苗已经使用多年，其副作用完全在安全可接受的范围内。
根据早期临床试验和紧急使用的相关资料，新冠肺炎疫苗的常见不良反应与已广泛使用的其他疫苗基本相似，主要表现为接种部位轻微发红、硬结、疼痛，也可能出现短暂发热、乏力、恶心、头痛、肌肉酸痛，一般不需要特殊治疗。