大多数疫苗注射到肌肉中，这被称为肌肉注射。有些疫苗如轮状病毒疫苗是口服的，有些是皮下注射的，如麻疹、腮腺炎和风疹疫苗。许多疫苗也是通过肌肉注射接种的。
肌肉是理想的疫苗接种部位，因为肌肉组织中含有重要的免疫细胞。这些免疫细胞可以识别抗原& mdash& mdash疫苗中含有的能刺激免疫反应的病毒或细菌块。例如，一些新冠肺炎疫苗不直接引入抗原，而是提供产生抗原的序列设计。这些抗原被肌肉组织中的免疫细胞识别并传递到淋巴结。将疫苗注射到肌肉组织中，可以使疫苗留在局部位置，帮助免疫细胞提醒其他免疫细胞，从而发挥免疫作用。
肌肉中的免疫细胞一旦识别出疫苗，就会将抗原传递到淋巴管，然后淋巴管将携带抗原的免疫细胞传递到淋巴结。淋巴结是我们免疫系统的重要组成部分，含有较多的免疫细胞，可以识别疫苗中的抗原，进而启动制造抗体的免疫过程。
淋巴结聚集在接种部位附近。例如，许多疫苗被注射到手臂肌肉的三角肌中，因为它靠近腋窝下的淋巴结。当疫苗注射到臀部时，淋巴管无需长途跋涉就能到达腹股沟区的淋巴结。
肌肉组织也有助于将疫苗反应保持在局部位置。如果一些疫苗注射到脂肪组织中，刺激和炎症会增加。臀部脂肪组织较多，容易导致血液供应不足，部分疫苗成分吸收不良。使用辅助药物(增强抗原免疫反应的成分)的疫苗必须肌肉注射，以避免大规模刺激或炎症。
然而，决定疫苗接种部位的另一个因素是肌肉的体积。三岁以上的成人和儿童经常接种上臂三角肌疫苗。三岁以下的儿童在臀部接种疫苗，因为他们的手臂肌肉相对较小，尚未发育良好。
接种疫苗的另一个考虑是方便和患者接受。卷起袖子更方便，更容易被接受。诸如新冠肺炎等传染病，要求我们的公共卫生系统在最短的时间内为更多的人接种疫苗。基于这些原因，手臂注射是首选。