10月10日上午10时，复旦大学在官网发布《中共复旦大学委员会关于检查整改情况的通知》(以下简称《通知》)。
《通知》分别回应了中央第十二督查组反馈的科研经费管理使用混乱、江湾校区基建项目违规严重、校办企业“一手办学、一手经营”、学校所辖附属医院监管难等四大问题的整改情况。
该报()记者在《通知》中注意到，复旦大学已对江湾校区基础设施项目严重违规行为提起诉讼，要求相关石材供应商承担相应法律责任并进行经济赔偿。此外，在科研经费方面，实验动物部相关人员涉嫌违法正在接受司法机关依法审判。
整改项目:基本完成91项，完成60项。
根据中央统一安排，中央第十二督查组于2014年3月31日至5月8日对复旦大学进行了专项巡察。
7月6日，中央第十二巡察组组长董宏、副组长彭向复旦大学党委书记传达了总书记关于巡察工作的重要讲话精神，并对专项巡察情况进行了反馈。7月7日，董宏代表检查组向复旦大学领导小组反馈情况，朱之文主持会议并讲话。
董宏在肯定复旦大学工作的同时，指出了干部群众在检查中反映的主要问题。一是科研经费管理使用混乱，违规现象突出，存在腐败风险；二是江湾校区基础设施工程严重违规，造成质量事故和安全腐败隐患。此外，在校办企业管理中，“一手办学，一手经商”现象突出，监管体系不健全。学校管辖的附属医院摊位大、权属复杂、监管难，容易诱发腐败。
7月20日，朱之文主持召开党委常委会会议，研究部署十二届中央巡视组专项巡视反馈意见的整改落实情况。会议根据中央巡视工作领导小组的反馈意见，原则审议通过了复旦大学整改工作方案。根据中央巡视工作领导小组指出的问题，复旦大学从4个方面梳理提出了56项整改任务。
10月10日，复旦大学在官网发布《中共复旦大学委员会关于检查整改情况的通报》，披露其整改进展情况。
在这份1.2万字的通知中，将四个方面的56项整改任务进一步细化为91项整改事项。《通知》显示，91项整改事项中，计划于9月底前完成的60项已基本完成，其余31项正在按计划有序推进。此外，圆满完成中央巡视工作领导小组交办的114件信访事项的调查核实工作，并向中央巡视工作领导小组反馈情况。
期间，复旦大学还接受了教育部、科技部等上级部门的4次专项现场检查。
江湾基建违规:法院已立案，将择期开庭审理。
复旦大学调查了科研经费管理和使用中存在的问题。
《通知》显示，2008年至2013年，复旦大学25个项目同时多渠道申请资助，属于重复申请主体。项目执行期前有2个项目涉及4个专利授权日期，属于以旧专利抵消新项目成果。此外，复旦大学还对配套资金不足、违规报销费用、未按规定退还剩余资金等问题进行了调查。
针对调研中发现的问题，复旦大学约谈了相关项目负责人，将严格按照国家有关科研经费管理规定进行处置。实验动物部相关人员涉嫌违法，正在接受司法机关依法审判。复旦大学在《通知》中表示，将规范内部管理，加强预算控制，落实监督责任，加强科研政策宣传教育，配合国家科研管理体制改革要求，做好相关工作。
对照中央巡察工作领导小组指出的江湾校区基础设施项目存在的问题，《通知》称，“学校进行了全面自查自纠，举一反三，修订完善相关制度，加强项目监管。”
《通知》披露了江湾校区幕墙修复工程进展情况:食堂、图书馆、A、B教学楼幕墙修复整改任务已完成；法律大楼、先进材料大楼和物流大楼的幕墙修复工作应在年内如期完成。复旦大学表示，将对江湾校区基建工程质量事故责任追究进行审查。
除修复江湾校区幕墙外，复旦大学于2014年6月向上海市杨浦区人民法院提起诉讼，要求相关石材供应商承担相应法律责任并作出经济赔偿，法院委托鉴定机构对石材供应商供应的石材质量进行司法鉴定。目前，杨浦区人民法院已立案，将择期开庭审理。
附属医院:加强采购监管。
针对中央巡察工作领导小组指出的“一手办学，一手经商”问题，复旦大学开展专项清理调查，并接受教育部专项核查，切实推进整改工作。
在开展企业党政领导干部兼职岗位专项清理的基础上，复旦大学进一步修订完善了相关管理办法，明确系以上干部未经学校批准，不得在企业兼职。对教师企业和企业兼职报酬进行了专项清查。下一步，我们将研究出台规范教师创业和在企业等单位兼职行为的管理制度。
此外，复旦大学还制定了《经营性国有资产管理暂行办法》，明确学校将通过党委常委会、校长办公会议研究决定校办企业国有资产管理运营的重大事项。资产管理办公室代表学校制定经营性国有资产监督评估办法；资产管理公司代表学校持有企业投资形成的股权，经营管理学校国有经营性资产。
针对附属医院“大排档、权属复杂、监管难”等问题，复旦大学对附属医院开展专项排查工作，加强和改进附属医院领导班子建设和监管，加强对附属医院采购大型医疗器械、药品和耗材的监管。
其中，对于大型医疗器械、药品、耗材采购，《通知》表示，要加强附属医院纪检委对采购流程的监督，严格执行国家和上海市相关规定，基于相关平台进行集中公开招标采购管理。建立附属医院大型医疗器械、药品、耗材采购共享专家库。
此外，复旦大学将通过日常检查、专项检查、审计监督等方式，加强对附属医院工作的有效监督。