新冠肺炎灭活疫苗具有制备简单、安全性高的优点，是阻断急性传染病传播最常用的方式。缺点是接种剂量大，免疫途径单一。
该重组蛋白疫苗具有安全、高效、可大规模生产优点。缺点是抗原性受选择的表达系统影响，因此在制备疫苗时应仔细选择表达系统。
灭活疫苗是将经过物理和化学方法培养和扩增的活病毒杀死后，通过一系列纯化技术制备的疫苗。重组蛋白疫苗是通过基因工程在体外细胞中表达最有效的抗原成分。体外细胞通常通过工程细胞系用于生物制品，类似于工业发酵的方式，最终制成疫苗。
灭活疫苗需要两次注射，其特点是成分相似，病毒结构天然，免疫反应强，安全性好。重组蛋白疫苗需要三次注射，其特点是生产过程是蛋白表达和纯化的过程，不涉及活病毒，生产的疫苗安全，易于大规模生产。
两种新冠肺炎疫苗可以混合使用吗
根据国务院新冠肺炎疫情联防联控机制综合小组文件要求，按照知情、同意、自愿的原则，现阶段建议用同一疫苗产品完成接种。
如遇特殊情况，如疫苗无法继续供应，受种者异地接种，同一疫苗产品无法完成接种的，可使用其他同类厂家的疫苗完成接种。已经接种过两剂灭活疫苗的，暂时不建议使用腺病毒载体疫苗加强。